No me lo había planteado asi...
Que los links del índide de contenidos abran pdfs... Pues es otra interesante opción.

Yo si te digo la verdad, me imaginaba más bien presentar un área de contenido envuelta en un marco futurista, y que vaya cambiando su interior.

Algo así;


(Claro está que eso es muy básico).
Pero no me desagrada tu idea. Necesitaríamos para ella diseñadores para la maquetación de los PDFs. Aunque el PDF me resulta un poco cutre visualmente. Quiero decir, igual lo mejor sería una presentación a tamaño completo, que clikeando te abre la siguiente página (en el caso de que el contenido no quepa en una).