Bueno, teniendo en cuenta que Matrix está inspirado en The Ghost in the Shell (el anime), no sería muy loco pensar que hay una copia de la mente de Neo o cualquier otro personaje dando vueltas dentro de la Matrix.

Tampoco sabemos que hicieron las maquinas con el cuerpo, Neo pactó la paz y las máquinas le pidieron que eliminara a Smith cosa que hizo, por lo tanto si la matrix reinicia con nuevas reglas el septimo ciclo, tal vez, los guionistas se inventen algo para revivir biologicamnete a Neo o algún cuento de que Neo no murió realmente (porque es cierto que no queda claro que haya muerto).

Y por lo que dijo @Nero de la niña, comparto la opinión de que debería ser la nueva arquitecta si se respeta el guión, pero el final está bastante abierto y seguro tienen varios puntos para hacer lo que se les ocurra