Bueno, no he podido evitarlo. Revisé el final.

En la pelea final Neo explota en Matrix (en forma de Agente Smith). Y no se le vuelve a ver en los pocas escenas más que salen de Matrix. Nada de nada. Es más, cuando Smith explota no pasa con en la primera película y está... dentro? Neo, a lo kinder sorpresa. Simplemente explota y no queda nada. Luego explotan el resto de Smiths.
En el mundo real, Neo suelta luz por ojos y boca (y nariz) y parece que se muere. ¿Se muere? ¿O solo se desmaya? Yo siempre supuse que moría, no parece que respire, ni se mueve ni nada. Y un robot se lo lleva a la ciudad de los robots. O eso parece. Igual no murió, solo estaba de parranda.

La niña del final (ahora mismo no recuerdo que era, arquitecta creo, hace el amanecer/atardecer final) le pregunta al Oráculo si volverán a ver a Neo y ella dice: Supongo que sí. Algún día. En inglés dice: I suspect so. Someday.

Sobre Trinity... Acaba empalada. Se muere dándose el lote con el Elegido. O eso nos hacen creer. Pero... ¿Y si Neo, con el beso, absorbió su consciencia, y cuando se mete en Matrix, Trinity puede "salir" de él? Ahora en serio, lo único plausible que se me ocurre es que tampoco murió. No al momento. Solamente se desmayó. Como le pasa a mucha gente al perder sangre, o por dolor, etc. Luego, unas pocas escenas después, sale Neo por un pasillo y hay muchos bichillos robots por la zona. La única manera que veo de salvar a Trinity de eso, es que uno de esos robots, o varios, tengan las herramientas para conectar a Trinity a Matrix y así salvar su conciencia. Y dejarla ahí para vivir como una especie de programa más. Eso sí. Tendría que estar a medio camino (donde la parada del metro) hasta que Neo termine la batalla final y se rehaga Matrix.

Así quedaría un Neo vivo, que puede seguir entrando en Matrix. Y una Trinity "viva" únicamente en Matrix. No se... es la idea que me vino a la mente.