¿Por qué millones de años de mutaciones aleatorias expresadas en el curso de la selección natural, arrojarían resultados mejores que los diseñados por una mente, también natural, pero inteligente?

La caja de pandora, la abrimos hace tiempo...
De lo contrario, dejarías morir a tus hijos cuando tienen una enfermedad y no los llevarías al médico. No permitirías que doctores hurgasen en los órganos de tus hijos para extirparles tumores, o hacer cualquier otra operación rutinaria (pero que causaría muerte en caso de no hacerla).
Les dirías a tus hijos que no se perpetuasen ni procrearan si en sus genes hay atisbos de imperfecciones, etc.

Pero claro, ¿como sabrías si tienen genes perjudiciales, sin desarrollo y conocimiento genético?

El límite que pones es una vaga ilusión que ya sobrepasamos hace mucho tiempo. La cuestión es ahora como compaginamos los conocimientos científicos actuales y futuros, con ética, minuciosidad y humanidad (y no prohibir elementariedades en base a preceptos confusos y contradictorios que no se agarran por ningún lado).